Gizli Dosyalar

1. Bölüm

Başlangıç

8 Kasım 1998

Mulder'ın uzaylıların varlığına ve bir devlet sırrına dair iddiaları bir teftiş kurulu tarafından araştırılırken, ajanlar ölümcül bir uzaylının izini sürerler.

2. Bölüm

Sürüş

15 Kasım 1998

Kafasının patlamasını engellemek için sürekli hareket hâlinde olması gereken bir adam Mulder'ı kaçırır ve Los Angeles'a götürür.

3. Bölüm

Üçgen

22 Kasım 1998

Mulder bir hayalet gemiyle 1939'a gider ve Nazilerin bir nükleer bilim adamını öldürmelerine engel olmaya çalışır.

4. Bölüm

Rüyalar Diyarı

29 Kasım 1998

Meşhur 51. Bölge'de meydana gelen garip bir olay, Mulder'ın bilincini bir yabancınınkiyle değiştirir.

5. Bölüm

-Rüyalar Diyarı II

6 Aralık 1998

"Beden Değiştirme" bölümünün İkinci Kısmı.

6. Bölüm

Hayalet Noel'i Nasıl Çaldı

13 Aralık 1998

Mulder ve Scully, Noel Arifesi'nde perili bir evi soruşturur.

7. Bölüm

Sevginin Şartları

3 Ocak 1999

"Rosemary'nin Bebeği." Bir iblisin kadınları hamile bırakarak kendisiyle aynı görünüşe sahip çocuklar yaratma hikâyesini anlatır.

8. Bölüm

Yağmur Kralı

10 Ocak 1999

Sevgililer Günü bölümü: Meteoroloji Adam'ın duyguları hava durumunu kontrol eder.

9. Bölüm

S.R. 819

17 Ocak 1999

Skinner, hayatına 24 saat içinde son verecek gizemli bir hastalığa yakalandığında Mulder ve Scully bazı cevaplar arar.

10. Bölüm

Tithonus

24 Ocak 1999

Scully, görünürde diğer insanların ölümünü önceden tahmin edebilen bir fotoğrafçıyı takip eder.

11. Bölüm

İki Baba

7 Şubat 1999

Mitoloji bölümü (Birinci Kısım) Cassandra ve uzaylı asilerinin dönüşünü ve Tom ile Bill Mulder'ın bakış açısından uzaylı istilasını anlatıyor.

12. Bölüm

Bir Oğul

14 Şubat 1999

İkinci Kısım uzaylı melez planına ve Mulder'ın kız kardeşinin kaybolmasına açıklık getirir.

13. Bölüm

Tehlikeli Sular

21 Şubat 1999

Florida sahillerine bir kasırga vurduğunda Arthur Dales, bir çiftin ve oğullarının kaybolmasından bir deniz canavarını sorumlu tutar ve ajanlar soruşturmaya gider.

14. Bölüm

Pazartesi

28 Şubat 1999

Mulder ve Scully Bugün Aslında Dündü filmindeki gibi bir banka soygununu defalarca yeniden yaşarlar. Ta ki Mulder, de ja vu yaşadığını anlayana kadar.

15. Bölüm

Kırsal

7 Mart 1999

Mulder ve Scully, sessizlik yemini edilen bir topluluktaki bir dizi gizemli ölümü soruşturmak için gizli göreve gider.

16. Bölüm

Alfa

28 Mart 1999

Ajanlar, birkaç kişiyi öldürdüğünden şüphelenilen efsanevi bir vahşi köpeği avlar.

17. Bölüm

Trevor

11 Nisan 1999

Bir hortuma yakalanan bir mahkûmun bedeni değişime uğrar, böylece nesnelerin içinden geçebilmeye başlar ve evlatlık oğlunu aramaya başlar.

18. Bölüm

Milagro

18 Nisan 1999

Mulder'ın yazar komşusu, hayal gücünü kullanarak ikinci kişiliğini ortaya çıkarır ve önce sevgilileri öldürür sonra da arzularının odak noktası olan Scully'yi hedef alır.

19. Bölüm

Doğal Olmayan

25 Nisan 1999

Arthur Dales'in kardeşi, 1940'larda New Mexico, Roswell'deki bir Afroamerikan beyzbol takımında gizlenen yetenekli bir uzaylı beyzbolcunun hikâyesini anlatır.

20. Bölüm

Üç Benzer

2 Mayıs 1999

Yalnız Silahşorlar, Las Vegas'taki bir güvenlik yüklenicileri konferansına sızarken Susanne Modeski'yle karşılaşırlar.

21. Bölüm

Saha Gezisi

9 Mayıs 1999

Mulder ve Scully ölü bir çifti soruştururken zihin etkileyen yerel bir mantar türü bulurlar.

22. Bölüm

Biyolojik Oluşum

16 Mayıs 1999

Mulder, Afrika'da keşfedilen metal nesnelerin, yaşamın evrenin başka bir yerinde başladığının kanıtı olduğuna inanır.